1965年，龙森湖一带出现巨型怪兽，日本自卫队全军覆没……
1998年，日本海豚湾遭巨型生物袭击，小镇被巨型生物摧毁……
不仅仅是日本，世界各国都发现了不明生物的踪迹，为了应对气象异变、地外智慧生命体带来的危机，在泽井聪一郎的倡导下，世界各国暂时建立起了地球防卫军，简称UNDF，地球防卫军的力量名义上由联合国统一管理。
为了应对可能出现的危机，日本防卫厅长官吉冈哲司开始着手扩充UNDF日本支部的军事力量，并在千叶的房总半岛建立海上本部基地，此举遭到国内外反对。
然而，就在同一年，千叶县接连遭到两次不明生物袭击，在此背景下，吉冈哲司扩充防卫军力量的提议得以顺利通过。
次年，日本防卫厅正式改组为地球防卫军日本支部，防卫相吉冈哲司转为UNDF日本支部提督。
寂静的深夜，一颗流星从天空划过，坠落在小笠原群岛的一处无人岛上，接到消息的UNDF立即派遣了调查小队前往调查。
“这好像不是陨石啊…”前来采集样本的飞鸟和马仔细打量着面前十多米高的陨石摇头道，“怎么感觉像是一个……蛋？但是未免太大了一些吧？”
同行的礼次郎拿着储物盒从周围海滩上收集了一些碎片，这才走过来道，靠近那陨石，又从上面刮了一些样本，“除了这个像蛋一样的陨石，其他的都被烧的差不多了，先采集一些，带回去化验。”
“跟你一起还真是轻松啊……”和马拍着礼次郎的肩膀笑道，“这样的话，我们回去就行了……”
“辛苦你们了，不要让其他人靠近这个陨石。”礼次郎走向负责这边警戒的几名警察，虽然是无人岛，但是难免也有其他人得到陨石的消息，出于好奇跑过来。
和马、礼次郎刚赶回基地，就被叫去开会，除了他们，吉冈长官、立花准将还有另外四名成员都已经在会议室里了。
见防卫相都亲自过来了，和马、礼次郎慌忙敬礼，随后才在立花准将的示意下坐到空位上。
“和子队员，可以开始了……”吉冈对会议室里唯一的一位女成员说道。
“是……”那名被称作和子的队员手指快速的在面前的电脑上操作了起来，随即一副外太空的图片被放到会议室的大屏幕上，“这个是UNDF卫星昨天晚上拍摄到的图案……”她将鼠标指向其中的几个亮点，然后一点点放大，“大家仔细看这些东西……”
“那是……”随着图案放大，和马几人惊诧的发现，那几个亮点竟然是几只鸟类一样的巨型生物。
“这些是怪兽吗？”和马忍不住问道。
“嗯……”立花准将点了点头，“拒估计，他们的体型有50米左右……”
“不仅仅是在地球附近，在月球、火星、金星附近也都发现了他们的踪迹……”和子又接连放出了几张卫星拍摄到的照片，“目前已经发现的怪兽数量，已经有三十多只……”
“怎么会有这么多怪兽？这简直是怪兽军团啊？”礼次郎不由担忧道，“如果这么多怪兽同时出现在地球上，那后果不堪设想……”他可是参与了四年前海豚湾的战斗，人类的武器在怪兽面前显得那般不堪……
“泽井秘书长已经召开UNDF会议，正在商讨对付这群怪兽的方法。”吉冈哲司说道，“我们不能把希望都寄托在别人身上，所以为了应对此次事件可能对日本造成的危害，我决定成立一只怪兽防卫队，由立花准将直接负责。”实际上，成立专门的对怪兽作战部队，正是由立花泷本人提议的。
“怪兽防卫队，简称MDT，由于时间紧急，所以成员都是从有丰富飞行经验的人员中选拔，你们五人是我和吉冈长官最初拟订的名单……”立花准将说道，“和子队员，把文件发给他们，如果有不愿意加入的可以选择退出……”
“是……”和子将身旁已经准备好的五份文件递给几人。
为了不引起恐慌，关于外太空出现大量宇宙怪兽的消息并未公开，虽然部分天文爱好者发现了什么，却都被当做谣言。
为应对可能出现的怪兽危机，由立花泷准将组建的怪兽防卫队MDT秘密成立，主要成员为负责通讯及收集资料的西乡和子，副队长三浦胜人，作战员飞鸟和马、礼次郎、疾风真、岸勇信。
“根据我们SET（地球外生命体交涉计划班）的调查，这群怪兽并不是极具攻击性的怪兽……对了，为了区分之前出现的那些怪兽，我们将这只怪兽命名为巴鲁……”一个十五六岁的少年在几人面前做着介绍。
“巴鲁是他想出来的名字。”居间惠对立花泷道，“千崎队员认为这些怪兽就像候鸟一样，是一种性格温顺的怪兽，不过因为某种原因，被困在地球附近，但他们本身并不会对地球造成伤害……”
“这种事情怎么能靠猜测呢？”胜人瞥了一眼那个叫千崎的少年，“没有确定的事情不要轻易下结论，这可是涉及整个地球的安危，你也太天真了，小惠……”
“咳咳……”立花泷忙打断胜人，说道：“不管怎么说，MDT既然已经成立了，我们该做的准备也不能少，如果千崎的猜测是正确的，那对地球而言再好不过。”
“掉落在无人岛的陨石，根据化验，确实是怪兽的蛋，那群怪兽会不会是因为那颗蛋，才在地球附近徘徊的？”礼次郎这个时候提出了自己的看法。
“我们的怪兽专家千崎队员也是这么推测的……”居间惠调侃道，“所以这也是我们这次过来的目地，我们希望MDT能协助我们，把那颗蛋送回宇宙……”
（按照时间线设定，迪迦出场时间为2007年，现在为2002年，剧情以迪迦、戴拿世界观为主，剧情从1965年开始就出现偏差。）