建文朝的民族政策被之后的皇帝所承袭，虽然成效显著，但也受到了部分后世史学家的强烈抨击，认为建文帝是个血腥、野蛮的大汉主义者，其一生的功绩都是建立在对其他国家、民族的掠夺和压榨上的，当然这并不是主流思想。但是不可否认，在当时，少数民族确实处于水深火热之中。
在建文朝，少数民族除非拥有身份牌，否则不是被抓去充军，就是被抓去服苦役。而在边疆地方官员的考评中，归化的少数民族数量却是很重要的考量，所以对于地方官员来说，他们最希望的是归化，而不是将之充军或服苦役，这很自然和驻军、工部官员产生了冲突，因为他们也有自己的考评。为了拉拢少数民族和增加归化数量，地方官员往往放低标准，或者临时找人作保，发放身份牌，因此自然出现了一个新的职业，即作保专业户和纳妾专业户，专门做一些曲线发放身份牌的事情，地方官对此心知肚明，却往往睁一只眼闭一只眼，在当时，这是上下皆知的秘密。
所以在边军中，士兵纳妾是常事，更不用说军官了，最后无论军官、士兵都拥有大量土地，而且这些土地和卫所土地不同，是完全按照民户的标准纳税的，这对许多人来说也是一种生财之道。最后朝廷不得不按级别规定纳妾的上限，则才暂时制止住了这一股纳妾风潮。
这些事情上报给朱允炆之后，朱允炆除了苦笑上有政策、下有对策之外，没有什么好办法，他只强调两条，一是不能让少数民族集中授田，要将他们分散；二是只要拥有身份牌，则全部是大明百姓，不许有任何歧视。
作为大明百姓确实有许多优惠，比如进入朝鲜就可以受到领事馆的保护，不受朝鲜法律的约束，在这种政策下，能安分守己的人并不多，所以不可避免的造成了新的纠纷，让乐浪府和朝鲜的关系变得紧张，最后有许多朝鲜的女真人也被引诱跑到乐浪府来，李芳远考虑再三，不得不在朝鲜也实行身份牌制，凡是朝鲜人不得离开朝鲜国境，并要求乐浪府不得接纳有身份牌的朝鲜人，这才略微遏制住了移民的浪潮。
近在咫尺的海军、卧榻之侧的骑兵以及难以遏制的移民潮和朝野上下的愤慨情绪，让少有大志的李芳远无法容忍，他决定开始反击，开始更大力度的支持图们江、乌苏里江、松花江流域的女真人反明，他的水师从朝鲜北部出发，为他们送去粮草、兵器和军事指挥人员；同时他开始联络倭国，让他们从海上对大明进行骚扰；还联系蒙古，让他们越过大兴安岭，对女真人进行支援。这样，在大明的东部、东北部、北部逐渐形成了一张网，对大明的北部边疆、东南海疆都构成了严重的威胁。
可惜，大部分朝廷官员并没有意识到这种危机，在他们看来，乐浪府的设立纯属年轻皇帝精力过剩的结果。加上皇帝公开声称欣赏汉武帝，这让百官很担心，所以百官们决定给皇帝找些事情来做，分散一下皇帝的注意力。
这种方式是非常有效的，它直接导致了朱允炆放弃了三年征服朝鲜的计划，选择了步步蚕食。
首先，朱允炆在乾清宫与诸王的谈话内容被传了出去，而且传的有鼻子有眼，说皇帝不准备供养藩王了，要让藩王分封海外，自谋生路了。这让朱允炆非常恼火，也非常狼狈，因为藩属国如安南、倭国甚至朝鲜都纷纷来使询问传言是否属实；云南的陇川、缅甸、木邦等宣慰司也来打听朝廷是否有改土归流的计划，甚至大明的商人到南洋行商都引起了当地官府的监视。鉴于这种情况，朱允炆不得不公开辟谣，此事绝对是无中生有，是谣言，请藩属国、宣慰司放心；朝廷的礼部、鸿胪寺也是颇有怨言，他们要不停的接待各方的使者，最后说一些自己也不确定的话。
通过这件事情，朱允炆明白了“成大事者不谋与众”的道理，这些藩王的素质良莠不齐，让他们知道太多，一点好处都没有，“民可使由之，不可使知之！”。他下令调查司调查到底是谁将这些信息透露出去的，可调查司查了半年，抓了无数人，却没有任何结果。
但是藩王分封海外是势在必行的，否则就只能调低藩王俸禄，或者采取降爵袭封，调低藩王俸禄是不现实的，亲王俸禄一万石，看着不少，但折合成银两只有一万两，所以藩王必然有其他的经济来源，这和官员俸禄少贪污是一个道理；至于降爵袭封，恐怕就得打一场全国大战了，虽然这些藩王不堪一击，但是不能否认的是，这些藩王对国家的稳定还是有一定的作用的。
其次，最近纷纷有人上书藩王谋反，如山东布政使铁铉告发齐王谋反；西平侯沐晟告发岷王有不轨之事；负责主管交通银行及科学院的户部侍郎谭波告发湘王伪造交通银行银票，谋取暴利；还有台湾知府黄福告发代王在台湾贪虐无状，滥用民力，导致卫所士兵和归附山民死伤无数；还有告谷王不法的；告楚王兵精粮足，有可能谋反的；连西安的秦王和山西的晋王都不能幸免。至于占用民田，私蓄战马，体罚官吏等等之事，更是数不胜数。
再次，由于近年来朝廷开海禁、征商税、修道路等等新政的推行，也出现了许多新问题，比如海商与市舶司勾结，少交和不交税款；征商税导致某些地区的物价虚高，百姓生活困难；修路需要采购大量水泥、青砖，因为缺乏足够的监察，腐败事件屡屡发生，修建的道路质量参差不齐，路面碎裂、坍塌之事屡有发生；最后朱允炆考虑到粮长制度的弊端，取消了粮长转运制度，动用驻军负责转运，但这带来了新问题，军将对士兵的使用更是登峰造极，虽然朝廷配发了足够的口粮，但是竟然出现了士兵饿死的现象。种种乱象，层出不穷。朝堂之中，抨击朱允炆轻率，主张恢复洪武旧制的呼声不绝于耳。
有些事情朱允炆可以容忍，有些事情朱允炆不能容忍，比如浙江海商柳家勾结宁波市舶司提举蔡祥，偷税漏税达二十三万五千余两，更要命的是，许多官员都知道此事，却不以为意，反而认为蔡祥是好官，不与民争利，直到一年后才被监察御史郑逢恩发现并举报，可是这个郑逢恩却受到百官攻歼，苦不堪言，甚至打算辞官不做，还是朱允炆好言安慰，才将其勉强留下。
最后，建文三年也是一个多事之年，河南蝗灾、黄河决口、山东大水、河北白莲教叛乱，殃及大河南北，朱允炆令长兴侯耿璇坐镇开封，安远伯瞿能坐镇济南，阻止乱民南下，令历城候盛庸全力镇压，这些都牵制了朝廷的精力，驸马都尉梅殷调集五万军队跨海征战乐浪，导致山东空虚，朱允炆不得不调集京军北上，以防生变。
为赈济灾民，朱允炆分两步走，采取以工代赈和移民相结合的办法，工部尚书宋礼浚通运河和清理山东水患，养活了大量灾民；还有一部分灾民被移民到河北和辽东。至于最后镇压的白莲教叛军，除贼首斩首外，朱允炆则将其分批迁往辽东、绥远、西北和西南安置。
所以建文三年时，大明实际上并没有能力和朝鲜打一场全面的战争，只是靠恐吓手段才获得了一片土地而已，朱允炆更多的时间是用来处理内政。
首先为强化对军队的控制，朱允炆推出了酝酿已久的军衔制，参考了后世的制度，分为将校尉三级，具体细化为上将、中将、少将、准将、上校、中校、少校、上尉、中尉和少尉，具体人选经过五军都督府、兵部和军机处的筛选，并经朱允炆亲自确认，最终确认了授衔的标准，卫指挥使一级为上校，千户为中校或少校，百户为上尉，总旗、小旗则分别为中尉、少尉；都指挥使为准将，其下的同知、佥事则根据情况授其为准将或上校；将军军衔基本只授给伯爵爵位以上的武将，但这里面也分了级别，少将基本都是伯爵，中将基本为侯爵，上将为公爵，但对于世袭的情况，一般是降一级，所以最后拥有将军军衔的不多，如上将只有三名平安、徐辉祖、常升；中将最多，大致有有历城候盛庸、长兴侯耿璇、曹国公李景隆、西平侯沐晟、西宁侯宋晟、驸马都尉梅殷等人；少将有安平伯李远、安远伯瞿能、何福等人；其他的宋瑄、吴升、张伦、曹玉书等伴读出身和近卫军将领都为准将。
其中常升最特别，正常应该是中将，但他有一个国舅的头衔，其姐是朱允炆的嫡母，自燕王之乱后，没有出京，主要负责京师的防务。
在颁布军衔的同时，朱允炆规定彻底的文武分治，文官不许统军，统军者必须拥有军衔，将级军衔需要皇帝亲自授予，只有得到将军军衔才有资格独立统军。
其次对于藩王的处理，朱允炆都是派钦差去查明实情，根据情况给予不同的处罚，秉承自愿的原则，比如楚王被削夺了两卫，湘王被削夺了一卫，代王令其抚恤百姓和卫所士兵，不得再犯等等，这些藩王倒没有寻死觅活，也没有想要造反的。
对于朝臣对新政的攻击，朱允炆却咬紧牙关，极力支撑，针对腐败贪腐的情况，令按察司在各地成立反贪局，专门负责处理各种腐败受贿案件；针对市舶司的乱象，朱允炆将市舶司改名为海关，设立海关总署，由翰林学士杨士奇担任署长，直属皇帝；最后为了解决卫所官兵世袭，腐败的问题，一方面在卫所内设立宪兵司，专门处理违纪事件；另一方面，逐渐裁撤内地卫所，择优为军，老弱为民。
关于官员贪污现象突然增多的现象，朱允炆有些不解，最后在闲谈中，被解缙一语道破，其中的原因就在于官员的权力变大了，受贿的范围从官员、士绅增加到商人，而且修路之前都是由朝廷督导，现在变成地方官督导，自然会出现问题。有的地方官是不懂，所以被人蒙骗；有的地方官则是起了贪心，他们不敢收官员的贿赂，但是敢收商人的贿赂。
朱允炆恍然大悟，却没有什么好办法，只能命令加大监察力度而已，在农耕时代，养活不起太多的官员。
为了让百官明白发展商业和税收的意义，朱允炆把后世看过的一些书，如亚当斯密的《国富论》、李嘉图的《政治经济学和赋税原理》等书，摘取了一些，撰写成书，让国子监的学生学习和讨论，这在学子中引起了广泛的争论，有的人认为这种研究方式很特别，很有意思，有的人则认为是奇谈怪论，但是因为是皇帝提倡的，学习的人也慢慢多了起来。
而一些商人听说此事之后，也出钱找人在报纸上宣扬商业的好处，比如雇佣人手解决了百姓温饱，交税促进国家富强，通过改进工艺，降低了商品价格，降低了百姓的生活成本等等；但是许多地主、文人看不过眼，也纷纷撰文抨击商人囤积居奇，不顾百姓死活，偷税漏税等等不法之事，这自然也让商人不满，也纷纷抨击地主荒年不减地租，导致百姓卖儿卖女以及一些文人享受着国家的优惠，却整日花天酒地，欺压良善等等。
这些争论导致了报纸这个行业的迅猛发展，随着争论的愈演愈烈，朝臣开始主张禁绝报纸，朱允炆虽然没有采纳，却也没有放任自流，趁势成立了新闻总署，署长为杨荣，直属文渊阁，负责检查报纸中的违禁情况，比如谩骂皇帝、宣扬造反是坚决不可以的。
这些争论虽然没有形成什么定论，但是却让大明开始反思士农工商在国家中所起的作用，这一切都在逐渐的改变这个国家。